Perusahaan Induk akan bertindak sebagai arsitek strategis yang dibantu oleh koordinator regional, dan sub-holding sebagai pemilik bisnis sesuai dengan klaster bisnis masing-masing, dengan empat peran utama, yaitu:

1. Arsitek strategis dan pemilik konsesi, bertugas mendorong grup strategi dan mengelola portofolio keseluruhan, mengawasi pelaksanaan bisnis seluruh grup, mengatur komunikasi dengan para pemangku kepentingan di tingkat nasional
2. Koordinator regional, bertugas mengatur kegiatan bisnis di dalam cakupan wilayah kerjanya, mengatur komunikasi dengan para pemangku kepentingan dalam cakupan wilayah kerjanya
3. Pemilik bisnis, bertugas menghasilkan pendapatan melalui kegiatan pengoperasian bisnis Pelabuhan, mendorong pelaksanaan operasional dan pelayanan yang lebih baik, dan mengatur kebijakan layanan pelabuhan
4. Operator bisnis, bertanggung jawab terhadap operasional pelayanan pelabuhan, dan mendorong peningkatan efisiensi keseluruhan grup

Berikut adalah struktur organisasi Pelindo :

Rapat Umum Pemegang Saham

RUPS merupakan wadah bagi pemegang saham dalam memutuskan arah perseroan dan merupakan forum dewan komisaris dan direksi untuk melaporkan dan bertanggung jawab terhadap pelaksanaan tugas serta kinerja kepada pemegang saham 

Rapat Umum Pemegang Saham (RUPS) merupakan lembaga tertinggi Pelindo dan wadah bagi para pemegang saham untuk mengambil keputusan penting yang kewenangannya tidak diberikan kepada dewan direksi dan dewan komisaris sesuai yang ditentukan dalam anggaran dasar dan peraturan perundang-undangan yang berlaku. Pelaksanaan RUPS dilaksanakan melalui proses pengumuman dan pemanggilan RUPS yang dilakukan sesuai ketentuan yang berlaku. Sejak diterbitkannya pengumuman dan surat pemanggilan pelaksanaan rapat tersebut, seluruh bahan yang akan dibahas dalam RUPS telah tersedia di kantor Pelindo. Dengan demikian, para pemangku kepentingan yang menjadi peserta rapat dapat mengambil bahan tersebut. RUPS terdiri dari RUPS Tahunan dan RUPS Luar Biasa.

RUPS Tahunan dilakukan Pelindo setiap tahun, yang meliputi laporan Tahunan Pelindo dan RUPS Tahunan tentang rencana Kerja dan anggaran Perusahaan (RKAP). Sedangkan RUPS luar Biasa dapat diadakan setiap waktu berdasarkan kebutuhan untuk kepentingan Pelindo. Pelaksanaan RUPS didahului dengan pemanggilan RUPS yang dilakukan sesuai ketentuan yang berlaku.

Dewan Komisaris

Dewan komisaris merupakan organ Pelindo yang bertugas melakukan pengawasan atas kebijakan pengurusan, jalannya pengurusan pada umumnya, baik mengenai Pelindo maupun usaha Pelindo, dan memberi nasihat kepada direksi untuk kepentingan Pelindo,  sesuai dengan maksud dan tujuan Pelindo. Dalam menjalankan tugas pengawasan dan fungsi pemberian nasihat, Dewan Komisaris wajib membentuk Komite Audit dan dapat membentuk Komite Nominasi dan Remunerasi, Sekretariat Dewan Komisaris dan satu komite lain, jika diperlukan.

Direksi

Direksi merupakan organ Perusahaan yang memiliki tanggung jawab untuk memastikan bahwa seluruh aktivitas pengelolaan Pelindo seperti strategi Perusahaan, Pengawasan Internal, Kegiatan Sekretaris Perusahaan, Komersial, Teknik, Operasi, Keuangan, SDM, Transformasi, Pengembangan Bisnis dan lain-lain berjalan secara efisien dan efektif serta sesuai prinsip-prinsip GCG. Direksi juga merupakan representasi dari Perusahaan baik secara internal maupun eksternal. direksi senantiasa melaksanakan pengelolaan usaha sekaligus pengelolaan dan perlindungan kekayaan perusahaan, pengelolaan, strategi, dan rencana anggaran secara teratur. secara khusus, direksi terus melaksanakan strategi yang telah ditetapkan dalam upaya mencapai visi, misi, nilai-nilai Perusahaan, dan Corporate Roadmap. direksi juga memastikan agar seluruh komponen Pelindo bekerja dalam koridor nilai-nilai Perusahaan secara konsisten.