Ada dua pelabuhan domestik di Balikpapan, yaitu Pelabuhan Semayang dan Kampung Baru Tengah. Pelabuhan Semayang terletak di Kecamatan Prapatan, dijangkau dengan menggunakan angkutan umum dari Terminal Damai. Pelabuhan ini paling sibuk di Balikpapan karena merupakan pelabuhan barang maupun penumpang ke kota-kota bagian barat Indonesia, seperti Jakarta atau Surabaya. Perusahaan pelayaran nasional, PT Pelni, memiliki layanan ke dan dari kota lain di Indonesia, seperti Nabire, Tarakan, Nunukan, Parepare, Surabaya, Jayapura, Makassar, Maumere, Kupang, Surabaya dan Jakarta.
Pelabuhan Kampung Baru terletak di Desa Kampung Baru Tengah. Meski kecil, pelabuhan yang merupakan bagian dari Desa Terapung Kampung Baru ini melayani rute-rute pelayaran dari dan ke beberapa kecamatan di Provinsi Kalimantan Timur. Ada banyak kapal cepat berkapasitas kecil bersandar di pelabuhan ini.
Informasi:
Alamat : Jl. Yos Sudarso No.30 Balikpapan.
Email : balikpapan@pelindo.co.id.
Telepon : (0542) 422246, 426061, 731224
