Pelabuhan Tarakan ada di Kota Tarakan, Kalimantan Utara. Pelabuhan ini melayani transportasi laut dengan tujuan wilayah lain di Kalimantan Utara dan Tawau, dan Sabah. Pelabuhan ini juga melayani transportasi laut ke Jawa dan Sulawesi.
Di Kota Tarakan terdapat empat pelabuhan utama, yaitu Pelabuhan Tengkayu I, Pelabuhan Tengkayu II, Pelabuhan Malundung, dan Pelabuhan Juwata Laut.
Pelabuhan Tengkayu I berfungsi sebagai pelabuhan khusus speed boat ke wilayah lain di Kalimantan Utara yang berjarak 1 km dari pusat kota. Sedang Pelabuhan Tengkayu II menjadi pelabuhan bongkar muat barang yang berjarak 500 meter dari pusat kota. Lalu Pelabuhan Malundung digunakan sebagai pelabuhan untuk kapal besar tujuan Jawa, Sulawesi dan Malaysia yang berjarak 1,5 km dari pusat kota. Pelabuhan Juwata Laut yang baru saja dibangun digunakan sebagai pelabuhan feri, berjarak berjarak 10 km dari pusat kota.
Alamat : Jl. Yos Sudarso No.9 Tarakan 77126
Email : tarakan@pelindo.co.id
Telepon : 0551) 21527, 22142, 24437, 24037