Pelabuhan di Kota Kupang, Pulau Timor ini berfungsi sebagai pelabuhan penumpang dan barang. Ada dermaga yang melayani kapal penumpang menuju Pante Makasar, Ruteng, Baa, Dili, Kalabahi, dan lainnya. Kini, ada pelabuhan niaga dan komersial di daerah Tenau, Kota Kupang, dan Pelabuhan Bolok di Kabupaten Kupang.
Pelabuhan Tenau dibangun tahun 1964 dengan panjang dermaga 23 meter, panjang alur perairan 13 mil, luas kolam pelabuhan 4.780.000 meter² dengan kedalaman antara -8 s/d -17 m LWS.
